Josef Zaugg erhielt seine musikalische Ausbildung an den Konservatorien Bern und Zürich und am Institut für Kirchenmusik des Kantons Zürich, wo er sich zum Kantor ausbilden liess. An der Universität Bern erwarb er sich das Schulmusikerpatent. Weitere regelmässige Studien führten ihn zu John Eliot Gardiner, Sir Roger Norrington, Kurt Masur und an die internationale Bachakademie Stuttgart zu Helmuth Rilling.

Josef Zaugg ist Leiter verschiedener Chöre. Mit dem Kantatenchor Bern, dem Bach-Collegium Bern und dem Ensemble La Partita Zürich führt er seit vielen Jahren in Kantatengottesdiensten, Morgenmusiken und Konzerten vokale Werke von Johann Sebastian Bach auf (u.a. über 140 Kantaten, Weihnachtsoratorium, Johannespassion, Messen).

Von 1977 bis 2012 arbeiteten zwei seiner Chöre (berner jubilate chor und Kirchenchor Thun-Strättligen) eng zusammen. Mit ihnen erarbeitete er die grossen Oratorien des Barocks, der Klassik und Romantik. Speziell zu erwähnen sind die Schweizer Erstaufführungen des Oratoriums Abraham von Carl Armand Mangold (2001) und des 103. Psalms in der Vertonung von Johann Gottlieb Naumann (2003). Im Januar 2004 folgte mit Mendelssohns Athalia eine weitere Schweizer Erstaufführung.

Mit dem Kantatenchor und dem Ensemble LA PARTITA führte Josef Zaugg im September 2009 in der Stadtkirche Thun, der Predigerkirche Zürich und der Klosterkirche Rheinau Bachs h-Moll-Messe auf. Weitere Konzerte führten ihn in die Klosterkirche Einsiedeln, die Augustinerkirche Zürich und nach Rüschlikon.

Josef Zaugg war viele Jahre Chorleiterausbildner und Singwochenleiter beim Christlichen Sängerbund der Schweiz (CSS), Initiant der Sommerakademie Thun sowie dessen Leiter bis 2013.